生物制药工业是污染大户，其排出废水中不仅有机污染物浓度高，而且含有抑制微生物生长的各种因素，采用通用的废水处理技术就可以取得良好的处理效果。生物制药工业是以粮食为原料，发酵培养特定药用微生物，发酵液经过压滤后滤液可用化学手段提取。在制药过程中主要有两类废水：发酵废水和提取废水。发酵废水中混有发酵残渣和微生物菌等，悬浮物含量高，对某些微生物有较强的抑制作用。加入混凝剂可使悬浮物沉淀下来，清液对微生物的抑制性明显降低。提取废水是滤清液用化学方法提出药物成分后的废水。
处理制药废水过程中要用到聚丙烯酰胺絮凝剂的情况一般如果是生化污泥处理的话一般选择离子度较高阳离子聚丙烯酰胺产品，如果有机浓度很高的情况下，甚至选择阳离子聚丙烯酰胺离子度60以上的效果最佳，如果是电解处理或者是前段气浮处理情况的话。要根据污水的水质，最关键的技术指标是看PH值大小来判断阳离子聚丙烯酰胺絮凝剂的选择情况，一般原则的PH小于7的话常选用非离子聚丙烯酰胺做助凝剂或者是污泥浓缩沉。
淀剂。如果是PH是7以上，最常用的是阴离子聚丙烯酰胺。
